|
|
Molecular cytogenetic analysis of marker chromosomes and related abnormalities
Semanko, Adam ; Kočárek, Eduard (vedoucí práce) ; Holá, Dana (oponent)
Prvotné zameranie tejto diplomovej práce je na problematiku marker chromozómov a fenotypicky podobných polymorfizmov ľudského karyotypu, obzvlášť na varianty krátkych akrocentrických ramienok. Prvá polovica ponúka užitočný prehľad dosiaľ dostupnej literatúry zaoberajúcej sa rozdielnymi aspektmi sSMC a ľudských polymorfizmov ako je napr. ich chromozomálny pôvod, dedičnosť, asociovaný fenotyp, vznik a prehľad molekulárne cytogenetických metód, ktoré sú využívané v procese identifikácie spomínaných aberácií. Metodický dôraz je na metódu FISH a jej modifikácie (napr. M-FISH, acro M FISH, cen M-FISH) a na CGH. Hlavným cieľom bolo otestovať spomínané metódy a stanoviť ich limitácie a použitie. Preto v druhej polovici ponúka práca zhodnotenie bežne aplikovaných metód a predstavuje nové stratégie, ktorých implementácia by mohla zefektívniť identifikáciu prídavných chromozómov alebo translokácií satelitov. Všetky závery sú založené na analýzach 7 pacientov s sSMC a 4 pacientov s variantmi akrocentrických NOR regiónov, pričom boli výsledky preskúmania jednotlivých karyotypov porovnané s podobnými nálezmi v literatúre. V neposlednom rade sme sa pokúsili odhadnúť koreláciu medzi pozorovanými abnormalitami a typom príslušnej chromozómovej aberácie.
|
|
|
Sequence variety of HNF1B gene in autosomal recessive polycystic kidney disease
Kavec, Miriam ; Štekrová, Jitka (vedoucí práce) ; Schierová, Michaela (oponent)
Autozomálně recesivní polycystická choroba ledvin (ARPKD) je poměrně vzácné závažné dědičné onemocnění, které se projevuje cystickým postižením ledvin, dědičnou jaterní fibrózou a dilatací žlučových cest. Spektrum klinických projevů tohoto onemocnění je velmi variabilní a závisí na věku, ve kterém se onemocnění projevilo. Při těžkých formách onemocnění je možné detekovat první příznaky prenatálně okolo 20. týdne těhotenství díky zvětšeným echogenickým ledvinám a přítomnosti oligohydramnia. Kauzálním genem tohoto onemocnění je gen PKHD1, jehož proteinový produkt fibrocystin se pravděpodobně podílí na udržování intracelulární koncentrace Ca2+ kationtů. Přesný mechanizmus ARPKD patofyziologie není známý. Fenotypové projevy tohoto onemocnění se mohou překrývat s mutacemi asociovanými s jinými geny. Jedním z genů napodobujících fenotyp ARPKD je gen HNF1B. Mutace v genu HNF1B jsou nejčastější monogenní příčinou vývojových abnormalit ledvin. HNF1B je tkáňově specifický transkripční faktor, který reguluje expresi PKHD1. V praktické části jsem se zabývala genetickou analýzou HNF1B genu u 28 pacientů, u kterých nebyla potvrzena ARPKD diagnóza detekováním dvou PKHD1 mutací. Pro účely mutačního skríningu jsem používala přímého sekvenování, NGS techniky pyrosekvenování a MLPA metodu k detekci rozsáhlých delecí...
|
|
|
Analýza klinických parametrů pacientů s autismem a mentální retardací indikovaných na vyšetření metodou SNP array
Petříková, Nikola ; Vlčková, Markéta (vedoucí práce) ; Panczak, Aleš (oponent)
Práce se zabývá analýzou klinických parametrů pacientů trpících poruchou autistického spektra vyšetřených pomocí DNA mikročipů. Teoretická část je zaměřena na definování autismu a jeho jednotlivých podtypů, dále na dosud známé genetické příčiny této pervazivní vývojové poruchy a nakonec na možnosti laboratorní diagnostiky jejích genetických příčin. Mezi příčiny autismu se řadí varianty počtu kopií různých částí genomu, které leze efektivně diagnostikovat vyšetřením pomocí DNA čipů. Náš soubor čítal celkem 98 pacientů s diagnostikovaným autismem či s autistickými rysy. U všech pacientů byla provedena analýza pomocí mikročipů HumanCytoSNP-12 od firmy Illumina. U všech pacientů ze souboru byla následně provedena retrospektivní analýza několika sledovaných klinických parametrů dostupných ve zdravotnické dokumentaci. Všechna získaná data byla statisticky zpracována s cílem zjistit případné závislosti. K další podrobnější analýze pak byly vybrány dvojice parametrů, u kterých již byla určitá korelace v minulosti popsána v literatuře, nebo jsme u nich závislost očekávali. V některých případech se naše výsledky shodovaly s údaji udávanými v literatuře, v některých nikoliv. Dále bylo zkoumáno, zda existuje významný rozdíl mezi skupinou pacientů, u kterých byla zjištěna aberace, která s vysokou pravděpodobností...
|
|
|
Molecular cytogenetic analysis of marker chromosomes and related abnormalities
Semanko, Adam ; Kočárek, Eduard (vedoucí práce) ; Holá, Dana (oponent)
Prvotné zameranie tejto diplomovej práce je na problematiku marker chromozómov a fenotypicky podobných polymorfizmov ľudského karyotypu, obzvlášť na varianty krátkych akrocentrických ramienok. Prvá polovica ponúka užitočný prehľad dosiaľ dostupnej literatúry zaoberajúcej sa rozdielnymi aspektmi sSMC a ľudských polymorfizmov ako je napr. ich chromozomálny pôvod, dedičnosť, asociovaný fenotyp, vznik a prehľad molekulárne cytogenetických metód, ktoré sú využívané v procese identifikácie spomínaných aberácií. Metodický dôraz je na metódu FISH a jej modifikácie (napr. M-FISH, acro M FISH, cen M-FISH) a na CGH. Hlavným cieľom bolo otestovať spomínané metódy a stanoviť ich limitácie a použitie. Preto v druhej polovici ponúka práca zhodnotenie bežne aplikovaných metód a predstavuje nové stratégie, ktorých implementácia by mohla zefektívniť identifikáciu prídavných chromozómov alebo translokácií satelitov. Všetky závery sú založené na analýzach 7 pacientov s sSMC a 4 pacientov s variantmi akrocentrických NOR regiónov, pričom boli výsledky preskúmania jednotlivých karyotypov porovnané s podobnými nálezmi v literatúre. V neposlednom rade sme sa pokúsili odhadnúť koreláciu medzi pozorovanými abnormalitami a typom príslušnej chromozómovej aberácie.
|
host ::
RSS.